Как найти N больших (максимальных) чисел в массиве?

Можно так:

function findMaxValues(inp, count) {
    var unique = [], u = {};
    for(var i in inp) {
        i = parseInt(i, 10);
        if( u.hasOwnProperty(inp[i]) ) continue;
        unique.push(inp[i]);
        u[inp[i]] = 1;
    }
    
    unique.sort(function(a,b){return b-a;});
    return unique.slice(0, count);
}

var a = [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9];
console.log(findMaxValues(a, 3)); // [9, 8, 7]